Οι Αρχές/ φορείς που έχουν οριστεί στο πλαίσιο του ΣΔΕ εφαρμόζουν συγκεκριμένες Διαδικασίες, ώστε να εξασφαλίζεται η χρηστή δημοσιονομική διαχείριση των πόρων του ΕΣΠΑ 2014-2020. Οι Διαδικασίες αυτές συνοδεύονται από τυποποιημένα έντυπα και οδηγούς. Το σύνολο αυτών των εγγράφων αποτελεί το «Εγχειρίδιο Διαδικασιών ΣΔΕ» το οποίο παρέχεται σε όλες τις Αρχές/ φορείς. 

Οι Διαδικασίες έχουν ενταχθεί σε 9 λειτουργικές περιοχές. Το Εγχειρίδιο Διαδικασιών ΣΔΕ είναι ενιαίο για Πράξεις πλην κρατικών ενισχύσεων και πράξεις κρατικών ενισχύσεων και, όπου υπάρχει διαφοροποίηση για τις δύο κατηγορίες, γίνεται σχετική αναφορά είτε στο πλαίσιο μίας ενιαίας Διαδικασίας είτε σε διακριτή Διαδικασία. Το σύνολο των εγγράφων του Εγχειριδίου καταγράφεται στο Έντυπο Ε.ΙΧ.1_1 Κατάλογος Εγγράφων ΣΔΕupdate(Νοέμβριος 2017). 

Συνοπτικά, οι Διαδικασίες του Εγχειριδίου αποτυπώνονται στο Διάγραμμα Διαδικασιών Διαχείρισης και Ελέγχου για τα ΕΠ του ΕΤΠΑ, ΕΚΤ & ΤΣ του στόχου ΕΑΑ.

Επίσης, τα σχετικά αρχεία είναι αναρτημένα στην κεντρική Ιστοσελίδα του ΕΣΠΑ:  https://www.espa.gr/el/pages/SDE_Diadikasies.aspx

Κάθε επικαιροποίηση αναρτάται στην παραπάνω διεύθυνση.